Żółw  błotny Emys orbicularis L. w Polsce objęty jest ochroną prawną od 1935 r., ponadto jako gatunek silnie zagrożony wyginięciem wpisany jest do Polskiej czerwonej księgi zwierząt. Wymieniony jest również w załączniku II (Gatunki roślin i zwierząt będące przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, których ochrona wymaga wyznaczania specjalnych obszarów ochrony) i załączniku IV (Gatunki roślin i zwierząt będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, które wymagają ścisłej ochrony) Dyrektywy Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory.

Zagrożenia gatunku:
Żółw błotny, dawniej pospolicie występujący na ziemiach polskich, pomimo objęcia ochroną gatunkową stale zmniejsza swój areał występowania. Do czynników antropogenicznych mających wpływ na zmniejszanie populacji tego gatunku należą: osuszanie i zagospodarowywanie terenów podmokłych, regulacje rzek, wzrost natężenia ruchu na drogach, a także zalesianie wielu tzw. nieużytków, będące przyczyną niszczenia potencjalnych lęgowisk. Do czynników naturalnych mających wpływ na zmniejszanie liczebności żółwia błotnego zaliczyć można: niekorzystne warunki klimatyczne w okresie inkubacji jaj (chłodne i mokre lato) oraz presję drapieżników niszczących gniazda (na niektórych obszarach nawet do 100 % gniazd). Młode żółwie padają ofiarą m.in. lisów, borsuków, jenotów, kruków, czapli, bocianów, niektórych owadów oraz drapieżnych ryb.

Zastosowane w ramach projektu metody ochrony:

• usuwanie drzew i krzewów zacieniających lęgowiska,
• zabezpieczanie gniazd żółwia błotnego siatkami metalowymi,
• odstrzał drapieżników na stanowiskach żółwia błotnego,
• przenoszenie młodych po opuszczeniu gniazda do najbliższych naturalnych zbiorników wodnych.